长期从事植物系统进化与保护研究。主要包括：1）植物分类与系统进化：以植物分类学为基础，开展植物多样性调查编目，重点开展《肯尼亚植物志》编研，对关键植物类群进行分类修订及系统进化研究；2）植物适应性进化机制：从系统进化及基因组学的角度揭示特殊生境下关键植物类群的起源及适应性进化的分子机制；3）生物多样性格局及保护：以非洲为重点研究区域，探究大尺度植物多样性时空格局及其形成和维持机制，基于宏观进化和宏观生态探究生物多样性保护策略。研究在Nature、Nature Plants、Nature Communications、Science Bulletin等等期刊发表论文310篇，出版专著7部。授权专利8项。

国家重点研发计划项目“植物园迁地保护与种质资源保存关键技术”（课题号：2024YFF1307400，2024.12-2028.11），主持人

中国科学院海外科教基地建设计划项目“《肯尼亚植物志》编研”（课题号：SAJC201614，2016.1-2027.12），主持人

国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项目“埃及药用植物资源收集与应对气候变化的代谢通路研究”（课题号：31961143026，执行期：2020.1-2022.12），主持人

国家自然科学基金面上项目“睡莲属系统发育基因组学及生物地理学研究”（课题号：32070231，执行期：2021.1-2024.12），主持人

1．Wan J#, Wang S#, Leitch AR#, Leitch IJ#, Jian J#, Wu Z, Xin H, Rakotoarinivo M, Onjalalaina GE, Gituru RW, Dai C, Mwachala G, Bai M, Zhao C, Wang H, Du S, Wei N, Hu G, Chen S, Chen X, Wan T*, Wang Q*. The rise of baobab trees in Madagascar. Nature, 2024, 629(8014):1091-1099.

2．Shi T, Huneau C, Zhang Y, Li Y, Chen J*, Salse J*, Wang Q*. 2022. The slow-evolving Acorus tatarinowii genome sheds light on ancestral monocot evolution. Nature Plants, 8(7): 764-777.

3．Dai C, Gong Y, Liu F, Hu G, Fu P, Wang S, Ouyang J, Zhang L, Zhou Y, Yan X, Liu X, Wan T, Wang Q*. 2022. Touch induces rapid floral closure in gentians. Science Bulletin, 67(6): 577-580.

4．Wan T, Liu Z, Leitch IJ, Xin H, Gillian MK, Gong Y, Li Z, Marais E, Liao Y, Dai C, Liu F, Wu Q, Song C, Zhou Y, Huang W, Jiang K, Wang Q, Yang Y, Zhong Z, Yang M, Yan X, Hu G, Hou C, Su Y, Feng S, Yang J, Yan J, Chu J, Chen F, Ran J, Wang X*, de Peer YV*, Leitch AR*, Wang Q*. 2021. The Welwitschia genome reveals a unique biology underpinning extreme longevity in deserts. Nature Communications, 12(1): 4247.

5．Wan T, Liu ZM, Li LF, Leitch AR, Leitch IJ, Lohaus R, Liu ZJ, Xin HP, Gong YB, Liu Y, Wang WC, Chen LY, Yang Y, Kelly LJ, Yang J, Huang JL, Li Z, Liu P, Zhang L, Liu HM, Wang H, Deng SH, Liu M, Li J, Ma L, Liu Y, Lei Y, Xu W, Wu LQ, Liu F, Ma Q, Yu XR, Jiang Z, Zhang GQ, Li SH, Li RQ, Zhang SZ, Wang QF*, Van de Peer Y*, Zhang JB*, Wang XM*. 2018. A genome for gnetophytes and early evolution of seed plants. Nature Plants, 4(2): 82-89.

6．Wang XX. Huang C H., Morales-Briones DF. Wang XY., Hu Y. Zhang N, Zhao PG, Wei, XM, Wei KH*, Hemu X, Tan NH*, Wang QF*, Chen LY*. 2024. Phylotranscriptomics reveals the phylogeny of Asparagales and the evolution of allium flavor biosynthesis. Nature Communications, 15(1), 9663.

7．Chen LY, Lu B, Morales-Briones DF, Moody ML, Liu F, Hu GW, Huang CH*, Chen JM*, Wang QF*. 2022. Phylogenomic analyses of Alismatales shed light into adaptations to aquatic environments. Molecular Biology and Evolution, 39(5): msac079.

8．Zhou YD, Xiao KY, Chen SC, Liu X, Wang QF*, Yan X*. 2022. Altitudinal diversity of aquatic plants in the Qinghai-Tibet Plateau. Freshwater Biology, 67(4): 709-719.

9．Dai C#*, Gong YB#, Liu F, Hu G, Fu P, Wang SW, Ouyang JX, Zhang LH, Zhou YD, Yan X, Liu X, Wan T, Wang QF*. 2022. Touch induces rapid floral closure in gentians. Science Bulletin, 67(6), 577-580.

10．Xin HP#, Wang Y#, Li QY#, Wan T#, Hou Y, Liu Y, Gichuki DK, Zhou H, Zhu Z, Xu C, Zhou Y, Liu Z, Li R, Liu B, Lu L, Jiang H, Zhang J, Wan J, Aryal R, Hu G, Chen Z, Gituru RW, Liang ZC*, Wen J*, Wang QF*. 2022. A genome for Cissus illustrates features underlying its evolutionary success in dry savannas. Horticulture Research 9: uhac208.