研究员
中国科学院武汉植物园
植物系统发生与进化
shitao323@wbgcas.cn
武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
教育经历
2007年，华中农业大学获农学学士学位；
2007年，华中科技大学获英语学士学位；
2012年，中国科学院大学/中国科学院武汉植物园获理学博士学位；
工作经历
2012年-2013年，在亚利桑那大学自然历史博物馆从事科研助理
2013年-2015年，在兰州大学从事博士后研究工作；
2015年至今，在中国科学院武汉植物园历任助理研究员、副研究员、研究员。
学术任职
2024年至今，The Innovation， 青年编委
2025年至今，Scientific Reports， 编委
长期从事被子植物基因组进化研究。主要包括：1）被子植物及主要大类群关键节点的基因组加倍、染色体重排等事件；2）被子植物及其主要大类群关键性状的起源、演化范式与机制。3）关键植物次生代谢物如花青素等基因调控网络、演化途径与遗传基础。研究在Nature Plants，Plant Cell，Genome Biology，Molecular Biology and Evolution等期刊发表论文38篇。2024年获得湖北省青年拔尖人才培养计划。
湖北省青年拔尖人才培养计划，2024-01~2026-12，在研，主持
国家自然科学基金面上项目，32170240，转座子微进化与基因组结构变异对莲两生态型适应性作用机制研究，2022-01~2025-12，在研，主持人
国家自然科学基金青年科学基金项目，31700197，温带莲与热带莲杂交F1代的等位基因特异性表达研究，2018-01~2020-12，已结题，主持人
中国科学院青年创新促进会会员，2019335，水生植物基因组学研究，2019-01~2022-12，已结题，主持人
湖北省自然科学基金计划青年项目，2019CFB275，全球野生莲属植物的遗传与表型多样性评价，2019-01~2020-12，已结题，主持人
湖北省青年拔尖人才培养计划
2025
Tao Shi*, Zhiyan Gao, Yue Zhang, Mark D. Rausher, Jinming Chen * (2025). A Strategy of Assessing Gene Copy Number Differentiation Between Populations Using Ultra-Fast De Novo Assembly of Next-Generation Sequencing Data, Molecular Ecology Resources, 25(4): e14080
2024
Tao Shi*, Zhiyan Gao, Jinming Chen, Yves Van de Peer* (2024). Dosage sensitivity shapes balanced expression and gene longevity of homoeologs after whole-genome duplications in angiosperms, The Plant Cell, 36(10): 4323–4337.
2023
Zhiyan Gao, Xingyu Yang, Jinming Chen*, Mark D Rausher*, Tao Shi* (2023) Expression inheritance and constraints on cis- and trans-regulatory mutations underlying lotus color variation, Plant Physiology, 191(3): 1662-1683.
2022
Tao Shi, Cécile Huneau, Yue Zhang, Yan Li, Jinming Chen*, Jérôme Salse*, Qingfeng Wang* (2022). The slow-evolving Acorus tatarinowii genome sheds light on ancestral monocot evolution. Nature Plants, 8: 764-777.
Yue Zhang, Xingyu Yang, Yves Van de Peer, Jinming Chen*, Kathleen Marchal*, Tao Shi*. (2022). Evolution of isoform-level gene expression patterns across tissues during lotus species divergence. The Plant Journal, 112(3): 830-846.
2021
Hui Li, Xingyu Yang, Qingfeng Wang, Jinming Chen*, Tao Shi* (2021). Distinct methylome patterns contribute to ecotypic differentiation in the growth of the storage organ of a flowering plant (sacred lotus). Molecular Ecology, 30:2831–2845.
2020
Tao Shi*, Jinming Chen* (2020). A reappraisal of the phylogenetic placement of the Aquilegia whole-genome duplication. Genome Biology, 21: 295.
Tao Shi, Razgar Seyed Rahmani, Paul F Gugger, Muhua Wang, Hui Li, Yue Zhang, Zhizhong Li, Qingfeng Wang*, Yves Van de Peer*, Kathleen Marchal*, Jinming Chen* (2020). Distinct expression and methylation patterns for genes with different fates following a single whole genome duplication in flowering plants. Molecular Biology and Evolution, 37(8): 2394-2413.
2017
Tao Shi, Kun Wang, Pingfang Yang*. (2017) The evolution of plant microRNAs-insights from a basal eudicot sacred lotus. The Plant Journal, 89(3): 442-457.
