植物多样性与特色经济作物全国重点实验室功能型党总支下设三个党支部，分别为：

1. 植物多样性研究与保护党支部（31人，书记：王强）

2. 植物系统发生与进化党支部 （48人，书记：董阳）

3. 特色经济作物快速驯化与改良党支部（52人：书记：李博强）